俘虏放回去三日之后，城门并没有打开。国王和贵族并不相信俘虏们的话，或者说他们不愿意交出权力。在朱清看来，既然特诺奇提特兰城不肯自动投降，那么就不要怪自己动用武力了。之所以要铲除阿兹特克势力，并不是因为他们攻打新蜀州，也不是因为城中财富。在阿兹特克对残酷压榨下，各部族过得猪狗不如，却让特诺奇提特兰城积累了天量的财富。更惨无人道的是，他们每年要屠杀上千上万的人血祭 。
朱清得到消息是，城中的仓库之中，玉米、土豆、苋菜等粮食堆积如山，棉布等织物也数量众多，此外还有武器仓库、金银仓库和宝石矿物仓库。朱清已经承诺，粮食、织物及武器全部分给随征的各部落，金银宝石则归新蜀州。事实上，那些随征的部落对探险队员所用的铁制刀剑和工具更感兴趣。朱清已答应他们，战后，各部落可以用金银来换取铁制品。
虽然小炮的威力不大，但十门齐射的声势也着实不小。朱清眼见城门不开，便命令进行集火射击以壮声势力。硝烟过后，特诺奇提特兰城墙上的阿兹特克人都如中了魔怔，有的呆在原地，有的跪伏在地，还有的转身便逃之夭夭。朱清正欲下令攻城，却发现已方的土著盟友士兵也趴伏在地上，个个脸色苍白浑身颤栗。虽然已经见识过火炮的威力，但此次近距离轰击，仍然极大震憾了他们。神使召唤的法术实在太强了。
缓过神后，土著盟友士兵用长梯和绳索攀上了特诺奇提特兰城的城墙，并打开了城门。这种原始的攻城方式要是放在宋蒙战场，那无异于送人头。城门一开，大军顺着长堤源源不断攻入了城内。在此过程中，大部分阿兹特克人仍呆若木鸡，并没有进行激烈的抵抗。那些放回来的贵族宣称城外大军乃是神使所率，是替神来拿回自己的权力，他们本半信半疑。如今神使已展示的电闪雷鸣的法术，正与传说中的一模一样。
阿兹特克人极度尚武，但攻城大军进展却异常顺利。事实上，特诺奇提特兰城中士兵不管在数量还是武器上都超过攻城的军队。朱清所带的百余人虽然武器先进，但毕竟人员太少，对战局并不会起决定性的作用。真正阿兹特克人兵败如山倒的，是其精神脊梁被打断了。为了摧毁他们的战斗意志，朱清让人将火炮搬到了城墙之上瞄准城中开火。小炮的射程有限，炮弹皆落入湖中。但正是巨大的声响和冲天的水花，让大部分阿兹特克士兵抛下武器，趴伏在路边，恭迎神使的到来。
朱清放将俘虏中的阿兹特克贵族放回去时，不少人担心是放虎归山，事实证明这些担心是多余的。实际上，正是放回去的贵族加速了战事的进程。阿兹特克国王和贵族都居住在城中的一个小岛之上，又有上千名精锐武士的守卫，要拿下此地也是极难。他们对于被俘贵族关于神使到来的话半信半疑，最终商议的结果观察两日再作决定。
国王的决定惹恼了释放回来的贵族。在他们看来，国王的这个行为无疑是亵神，会给整个阿兹特克人带来灭族之灾。当下他们便暴起发难，用国王和祭祀的血献祭了神。饶是朱清见多识广，当走进阿兹特克王宫之时，也被惊呆了。他惊愕地不是死尸遍地，也不是因阿兹贵族因内讧而死伤殆尽，而是看到死去的人皆被挖心破肚，就连国王也不例外。阿兹特克剩下为数不多的贵族，不少人还坐在鲜血之中，大口啖着心脏。
朱清和手下强忍着心中的翻涌，而簇拥着朱清进入皇宫的土著士兵却是两眼放光。他们就像猫见了鱼一样，迫不急待扑了上去，也开始大口撕咬起来，让朱清及手下又是一阵恶寒。这些土著虽然恨阿兹特克人，却深受其文化的影响。他们相信，吃了阿兹特克国王和贵族的血肉，特别是心脏，能获得其力量。
出征之前，便和随征的各盟友部落约法三章，其中最重要的便是不能滥杀无辜，不能纵兵劫掠，也不能破坏城中房舍财产。各部落的土兵畏于神使威严不敢违令，否则这特诺奇提特兰城便是要化为一片火海和瓦砾了。要说阿兹特克人带给各部落的伤害实在是太大了。不准吃敌人的血肉，并没有在约法条款之中。朱清眼见土著士兵吃得欢快，思量了半晌，终究还是绝了要追加此条禁令的想法。
拿下特诺奇提特兰城，朱清的手下并没有伤亡，就连随征的土著部落士兵也只伤亡了几百人，说成摧枯拉朽也不为过。虽说对胜利有着十足的预期，但以如此小的伤亡夺得这个上千万帝国的都城，也出乎朱清的意料。相比攻方的轻微损失，城中的阿兹特克人的死伤数量却不少，这当中大部分是自相残杀造成的，少数因践踏伤亡或落入湖水溺毙。
摧毁了这个血腥邪恶帝国之后，防止权力真空导致的秩序混乱是当务之急。朱清随即以霹雳军的名义下达了政令。实际上在新大陆以何种名义与当地土著打交道，流求公司曾有争议。有的认为应有探险公司名义，有的认为应以流求的名义，但无一例外的是没有人提议以大宋的名义。最终还是欧阳轩的回信一锤定音：以霹雳军的名义。
朱清第一条政令是宣告阿兹特克帝国的灭亡，原有权力转移到霹雳军，其在新大陆的治所便是在新蜀州城。特诺奇提特兰城仍由阿兹特克人居住，但不再有国王，而是由亲霹雳军的贵族会议统治。为了防止帝国势力死灰复燃，朱清下令从阿兹特克及其盟友特斯科科人和特拉科潘人中，抽调五万男丁前往新蜀州。在那里，他们将从事道路、房屋、堡垒、港口修建及屯垦、开矿等劳役。
第二条政令是废除血祭等苛政。阿兹特克帝国频繁发动战争和征收大量的贡奉，进行残忍的人殉，都是为了取悦神。这无谓的消耗，使得大量的财物和宝贵人口被浪费，也最终导致其灭亡。霹雳军治下，今后各部落承担的，只是道路、桥梁、港口等公共设施的修建和维护。除此之外，新蜀州所需其他东西，也需要遵守公平原则进行交易。朱清为了让此政令得到贯彻，便声称这是神的旨意。
第三条政令则是大力推广卫生防疫举措。疫病流行之下，各部落人口均死伤惨重。朱清曾听余柱讲过，欧阳轩曾在信中告诉他，外来疾病在新大陆的流行无可避免，唯有的就是尽量减少土著死亡。对此政令要求各部落要花大力气挖排水沟、建公厕，用白石灰刷墙刷屋，还清理垃圾、烧开水喝。同时，朱清还命各部落选送人员到新蜀州城，学习用草药防治疫病。