张宣率军抵达台南港之前，孙胜夫便率军撤退到了内陆十里处。这个距离既远超战船火炮的射程，又不致于过份接近丛林。霹雳军虽然在台南带开辟了大量的农田，但相对广阔的丛林来说仍然是小部分。蛮荒的密林不管对流求军民和海匪来说，充满了太多不可知的危险——疫病、猛兽、山洪，还有神出鬼没的食人生番。
孙胜夫命令手下修筑营垒，又砍伐树木立起了栅栏，开挖了壕沟。眼下已是五月初，流求的雨水变得极为充沛。挖壕沟主要目的是防洪排水，防止疫病的流行。雨水之下土墙极易被淋垮，这也是立栅栏而不是筑土墙的原因。围攻台南堡的海匪几经折损又几经补充，现在仍有四千人五十余门铜炮，粮食也能支撑一段时间。孙胜夫期望蒲寿庚能重新夺回澎湖，重新获得制海权。即便不能夺占流求，至少能将他和尤永贤两部救出来。
张宣率领了二百名士兵前往台南堡，这些士兵属于第二分舰队陆战营。该陆战营共有五百人，有三百人正驻守澎湖。之前泉州府在澎湖设立有巡检司，驻扎有厢军一百余人。海匪将澎湖作为辎重基地之后，将巡检司的厢军全部杀了灭口。余柱已经决定要将澎湖作为流求的前哨，为此将在澎湖的各个关键地点兴建数个定居点和一个大型堡垒。
李杆子眼见张宣率军前来，自然是十分高兴，急急地冲到堡垒门口迎接。他的热情让张宣差点晕倒——实在是太臭了。台南堡面积仄窄，又入驻超过其一倍的士兵，加之用水不足，生活条件自然好不了那里去。在这围城的三个月时间里，守军都没有洗过澡。当下李杆子身上的味道，集腥醃酸的大成且十分浓烈，这让张宣全身咸腥味的糙汉子都受不了。
这种情况也不是李杆子愿意出现的，千余人的吃喝拉撒都在狭小空间，垃圾废物也扔在堡垒周围。在高温烘烤和雨水浸润之下，出现这种情况十分自然。李杆子眼见张宣作干呕状，突然醒悟过来，急令搬来大量的甘蔗酒。张宣足足灌了半葫芦酒，才勉强压下了心中的翻滚。陆战营水兵也有样学样，纷纷痛饮起甘蔗酒起来。
由于技术原因，流求公司榨糖后的甘蔗渣仍有不少糖分，如果丢了十分可惜。欧阳轩得知情况后，便写信建议将用来酿酒。流求粮食并不富余，自然也缺乏酒精这种重要的物资。余柱命人按欧阳轩的办法进行了生产，果然大获成功。这种酒不仅便宜，产量也极大，颇受军民欢迎。台南堡中便库存了大量的甘蔗酒，这也是在围城期间十分恶劣环境，却没有发生疫病的重要原因。
鉴于台南堡卫生状况十分恶劣，李杆子组织了人手进行了彻底的清洁，将积存的垃圾焚烧一空。张宣则派人用船将堡中的伤员运往台北，那里有更好的医治条件。陆战营的水兵接管了台南堡防务后，李杆子带着人到海边痛痛快快洗个了干净。眼下第二分舰队除了小部分战船在澎湖之外，大部分的火炮战船都进驻了台南堡。有这些战船的保护，根本不再怕海匪趁机来袭。
就在台南堡的守军在酣畅洗澡之际，台中的海匪也在集体淋浴——被迫的。一场瓢泊大雨不期之至，将夏大根驻守屯垦点的土墙冲塌了不少。幸得豪雨让道路变得泥泞，也灌满了壕沟，使得海匪无法趁机进攻。屯垦点在大雨之下都如此，防排水更差的海匪营地更糟糕，人员、物资和帐篷都泡在水中。雨水退后，营地内更是一片泥浆，人员几无立锥之地。
在受阻于夏大根的顽强抵抗后，尤永贤也曾试图绕路进攻台中。只不过要在参天的丛林中砍伐出一条通道，实在太难。海匪眼下不仅缺乏工具，更缺乏粮食。砍伐不到一里地，那些海匪便个个精疲力竭，浑身如两只散了架一样，还在流求侦察兵的袭击损失了几十人。怨声载道之下，尤永贤只得放弃。
尤永贤又派了二百人前往台北以探虚实。这股海匪在食人生番和流求侦察兵的沿途截杀下，在损失了一半的人手后，完成了任务。他们带回的消息让尤永贤背脊发凉——台北方向至少有上万装备精良的士兵，正在往台中方向赶来。按照其行军速度来看，十日之内便会赶到台中。
大雨给台中的交战双方都造成了不利影响，但对海匪尤其不利。雨水浸泡使壕沟和土墙垮塌，削弱了屯垦点的防御，泥泞的道路也拖缓台北方向而来的流求大军步伐，但给海匪带来的却是致命一击——粮食全完了。流求气侯炎热，被水泡湿的粮食几在日内便腐烂发臭，甚至有发芽了。
压垮尤永贤的最后一根稻草是蒲师文惨败和澎湖丢失的消息，这意味着粮道断了。短期缺粮还可以苦捱，大不了摘野果吃野菜，但大军长期缺粮便是死路一条。尤永贤手下的海匪本来就是乌合之众，靠着胡萝卜加大棒，才免强将他们压制住。如今陷入绝境，他已无力约束这些刀口舔血的悍匪了。
思索片刻之后，尤永贤便率军投降了。除了极少数海匪不愿意投降逃入丛林之外，台中的六千余名海匪悉数做了俘虏。这些海匪虽然凶悍，却已被战火和炎热折磨得个个精神萎糜，目光涣散。其中还有一千余人是伤病员，如果战事再拖下去，他们必死无疑。眼见胜利无望，投降还能捡回一条小命，便都乖乖缴了武器。
得知台中海匪投降的消息之后，台南的那四千海匪也投降了。虽然他们短期内并不缺粮，弹药也充足，但已成孤军，士气极为低迷。眼下流求大军自台北、台南步步逼近，海上退路也被切断，迟早也会弹尽粮绝。更重要的是孙胜夫乘机溜走了。这孙胜夫是个老狐狸，他在退往内陆之时，悄悄在海边密森中藏了几条小船，眼见情况不妙，便率了部分心腹脚底抹油。
至此，历时三个月的流求战役结束。上岛的一万五千海匪被全歼，除了病死战死和逃入丛林的几百人外，其余皆被俘。加上被俘的海匪水手，二万海匪共有一万三千人做了俘虏，只有一千余人逃了回去。这些逃回去的，大都是驾驶轻快小船和来往于泉州与澎湖运输的海匪。前者逃跑极快，后者则是闻风即遁。除此之外，流求还缴获了大量的粮草武器。最有价值的还是两百余门铜火炮和六百余艘各型船只。